Um den grenzüberschreitenden Handel mit landwirtschaftlichen Erzeugnissen zu erleichtern, haben die Europäische Union und die Schweizer Eidgenossenschaft am 25. Mai 2009 ein Handelsabkommen abgeschlossen. Darin wurde unter anderem festgelegt, dass ab dem 01. Juni 2009 keine  Kontrollbescheinigungen mehr für den Handel von Bio-Produkten in beide Richtungen benötigt werden. Im Gegenzug dazu muss zukünftig beim Importeur in der EU für alle Lieferanten/Exporteure ein aktuelles Zertifikat der schweizer Kontrollstelle vorliegen. Umgekehrt benötigen die schweizer Importeure ein gültiges EG-Zertifikat.

Die getätigten Importe/Exporte werden unverändert im Rahmen der Kontrolle geprüft, d.h. beide Tätigkeiten unterstehen auch zukünftig dem Kontrollverfahren. Importe aus der Schweiz müssen weiterhin bei der zuständigen Kontrollstelle z.B. durch Zusendung einer Kopie der Lieferscheine oder Auflistung der getätigten Importe gemeldet werden. Auch bleibt das besondere Kontrollverfahren für Importeure bestehen.

Für Einfuhren aus anderen Drittländern bleiben die bestehenden Abläufe unverändert, d.h. Kontrollbescheinigungen müssen weiterhin bei der Verzollung vorgelegt werden und  Einfuhrermächtigungen für Drittländer, die nicht auf der Drittlandliste stehen, sind nach wie vor notwendig.